預染蛋白Marker是純化好的一些蛋白，通過與染料共價耦聯后混合在一起，在電泳過程中或者轉膜時可以直接觀察到。預染蛋白Marker的出現方便了我們的實驗，這種蛋白分子量標準可以幫助我們在電泳時、電泳后，以及轉膜后監測電泳情況和估計遷移率——比如，已知垂直電泳最佳分辨區域大約在膠的2/3處，如果使用預染Marker就可以預測目標蛋白進入最佳分辨區時停止電泳以得到最佳分辨效果；如果觀察到Marker電泳異常也可以及時終止電泳；另外在Western Blot轉膜以后可以直接觀察蛋白轉膜是否，還可以在膜上標記蛋白分子量，所以吸引了許多實驗室人員購買預染蛋白標準。值得注意的是，預染蛋白Marker與染料共價耦聯，所以在不同的緩沖條件下電泳時遷移特性可能會發生某些變化，可能導致一些偏差，所以不太適合精確定位蛋白——不過多數情況下Marker的條帶未必能和我們的目標蛋白一樣，我們得到的也不過是一種相對Marker指示的參考大小，最后都需要Western來定性，所以如果不是要區分大小相近的條帶，預染Marker還是很好用的，而且也可以和未染色的蛋白標準一起使用。
蛋白Marker定義和用途
蛋白Marker即蛋白分子量標準，是一些已知分子量的蛋白質的混合物，像“尺子"一樣用來指示蛋白質條帶的大小。在Western Blot過程中，分子量Marker就像個螺絲釘一樣雖然是其中小小的一環，然而就是這樣一個小細節對實驗結果有著不可忽視的作用。Marker的作用主要是用來指示蛋白條帶所對應的分子量大小，只有標準量精確無誤了，實驗結果才有說服力，除此之外，蛋白Marker還有顯示轉膜是否成功、以及蛋白在凝膠上的電泳程度等作用，因此選擇正確的蛋白Marker也是Western Blot實驗成功的必要條件之一。
預染蛋白Marker的分類
預染蛋白Marker又分單色預染和多色預染，單色預染蛋白Marker通常會利用其中某些條帶加倍濃度加深某些條帶的粗細，來提示其大小的，方便我們快速記憶和區分各個條帶的大小。而彩色蛋白Marker則用不同的顏色來區別，更加好辨認。
